Agir selon l’approche One Health : combattre les réservoirs environnementaux à l’origine des infections résistantes aux médicaments

La résistance aux antimicrobiens n’est plus seulement une affaire d’hôpitaux ou de prescriptions médicales. Elle circule silencieusement dans l’eau des rivières, dans les sols agricoles, jusque dans l’air que l’on respire. Cette réalité bouleverse la manière de penser les infections résistantes aux médicaments : protéger les patients passe aussi par la façon dont sont gérées les stations d’épuration, les élevages, les usines pharmaceutiques et, plus largement, les écosystèmes. L’approche One Health, qui relie la santé humaine, animale et environnementale, devient alors un véritable levier d’action pour limiter ces « superbactéries » avant qu’elles n’atteignent les plus fragiles.

Dans le quotidien, cela se traduit par des choix très concrets : comment sont traitées les eaux usées d’un hôpital, quels antibiotiques sont utilisés dans une ferme aquacole, comment sont contrôlés les rejets d’une usine, ou encore comment une ville suit la qualité de ses milieux naturels. Des équipes pluridisciplinaires – médecins, vétérinaires, infirmiers, ingénieurs, biologistes, élus locaux – travaillent ensemble pour repérer les réservoirs cachés de résistance dans l’environnement et agir en amont. Cette façon de voir la santé « en système » n’est ni théorique ni réservée aux conférences internationales : elle façonne déjà les politiques publiques, les formations et les pratiques de terrain, de Marseille à Varsovie en passant par Tunis, et ouvre une nouvelle manière de protéger les populations, pas à pas, sur des bases réalistes et durables.

Comprendre l’approche One Health pour les infections résistantes aux médicaments

Pour saisir pourquoi l’approche One Health est devenue incontournable face aux infections résistantes, il faut d’abord changer de regard. Une infection urinaire compliquée chez une personne âgée n’est pas seulement liée à une prescription passée ou à un séjour hospitalier. Elle peut aussi être le résultat de gènes de résistance qui ont circulé dans des eaux usées, un réseau d’assainissement défaillant ou une chaîne alimentaire contaminée. Penser en « une seule santé », c’est accepter que la bactérie qui cause le problème ne respecte pas les frontières entre hôpital, ferme, rivière ou mégapole.

Depuis une vingtaine d’années, le concept One Health s’est imposé dans les instances internationales de santé publique. Il est aujourd’hui décliné dans des stratégies nationales, comme la stratégie française One Health, et dans de nombreuses initiatives régionales ou universitaires. L’idée centrale : coordonner les efforts des acteurs humains, vétérinaires et environnementaux plutôt que travailler chacun dans son coin. Concrètement, cela signifie partager des données, construire des plans d’action communs, et faire dialoguer des métiers qui, historiquement, se parlaient peu.

Dans le domaine précis de la résistance aux antimicrobiens (RAM), One Health sert de fil rouge. L’Organisation mondiale de la Santé rappelle que près de 60 % des maladies infectieuses émergentes viennent des animaux, sauvages ou domestiques. Les gènes de résistance qui circulent dans l’environnement peuvent rejoindre des bactéries pathogènes humaines, et inversement. Une bactérie résistante détectée dans un élevage de volaille peut être cousine de celle retrouvée quelques mois plus tard dans un service de réanimation. Les passerelles sont multiples : eau de ruissellement, poussières, aliments, déplacements humains, échanges internationaux.

Plusieurs programmes de recherche et d’actions illustrent cette dynamique, qu’il s’agisse de collaborations scientifiques européennes comme celles présentées à la conférence One Health de Varsovie, ou de projets méditerranéens mis en lumière par le One Health Award en Tunisie. Ces initiatives ont un point commun : elles associent des données de terrain (échantillons d’eau, de sols, de fumier, de patients) et des décisions pratiques (changement de protocole, nouvelles normes pour les rejets, adaptation des formations des soignants).

Pour prendre la mesure de l’enjeu, il est utile de garder en tête que la RAM n’est pas une menace lointaine. Elle est déjà responsable de centaines de milliers de décès chaque année dans le monde, et certaines projections évoquent plusieurs millions de morts annuelles et des pertes économiques colossales si rien n’est fait. Les infections banales d’hier – cystites, pneumonies, plaies infectées – peuvent devenir difficiles à traiter quand les options d’antibiothérapie s’épuisent. La médecine moderne, avec la chirurgie lourde, les chimiothérapies ou les transplantations, s’appuie sur la possibilité de contrôler ces infections. Sans antibiotiques efficaces, tout se fragilise.

L’approche One Health ne promet pas de solution miracle, mais propose une logique claire : agir plus tôt, plus large et ensemble. Plutôt que de ne constater la résistance qu’aux urgences ou en réanimation, l’objectif est de remonter les fils jusqu’aux réservoirs environnementaux et aux pratiques qui favorisent cette évolution. C’est ce maillage, entre prévention, surveillance et régulation, qui donne à One Health sa force dans la lutte contre les infections résistantes aux médicaments.

Réservoirs environnementaux : rivières, sols et air comme routes cachées des superbactéries

Pour comprendre comment agir, il faut d’abord repérer les lieux où les gènes de résistance s’accumulent et se propagent. Les travaux récents décrivent l’environnement non pas comme un simple décor, mais comme un véritable réseau de transport pour les « superbactéries ». Rivières, lacs, sols agricoles, eaux côtières et même air ambiant peuvent contenir des bactéries résistantes ou des fragments d’ADN porteurs de gènes de résistance.

Imaginons une ville moyenne avec un grand hôpital, quelques cliniques, des quartiers denses et des communes rurales autour. Toutes ces infrastructures envoient leurs eaux usées vers une station d’épuration. Cette station devient un « point de mélange » où se rencontrent résidus d’antibiotiques, bactéries résistantes provenant des patients, mais aussi microbes issus des habitations, des maisons de retraite ou des petites entreprises de santé. Le traitement classique diminue la charge bactérienne globale, mais ne supprime pas toujours les gènes de résistance, qui peuvent persister dans les effluents ou les boues.

Ces boues sont parfois valorisées en agriculture. Or, si elles contiennent des gènes de résistance, ceux-ci peuvent se retrouver dans les sols, puis dans les eaux de ruissellement, et finir dans les cours d’eau ou les nappes phréatiques. Le risque n’est pas immédiat pour chaque parcelle, mais il s’accumule dans le temps, au fil des cycles de culture, des épandages et des épisodes de pluie intense. C’est ainsi que se construit un « bruit de fond » de résistance dans les milieux naturels.

Les élevages intensifs et les systèmes aquacoles représentent un autre maillon critique. Lorsque des antibiotiques sont utilisés pour prévenir ou traiter les infections animales, ils exercent une pression de sélection sur le microbiote des bêtes. Les bactéries qui survivent, souvent plus résistantes, se retrouvent dans le fumier, les lisiers ou les sédiments des bassins aquacoles. Là encore, ces matières peuvent être épandues ou lessivées vers l’environnement, diffusant lentement les gènes de résistance.

À cela s’ajoute le cas des usines de fabrication pharmaceutique. Certains audits ont mis en évidence des concentrations élevées d’antibiotiques dans les effluents industriels lorsque les contrôles et les technologies de traitement ne sont pas au rendez-vous. Ces concentrations élevées créent des « laboratoires à ciel ouvert » où les bactéries sont exposées à des doses suffisantes pour favoriser la sélection de souches multirésistantes, qui peuvent ensuite se disperser en aval.

Au cœur de cette circulation, un mécanisme discret joue un rôle central : les éléments génétiques mobiles, comme les plasmides. Ces petits morceaux d’ADN peuvent passer d’une bactérie à l’autre, parfois entre espèces très différentes, en emportant des gènes de résistance comme un bagage à main. Une bactérie banale de l’environnement peut ainsi transmettre un gène de résistance à un pathogène humain, ou l’inverse. Les eaux usées, les boues, les sédiments deviennent des zones d’échanges intenses où ces plasmides circulent.

Des initiatives de type One Health, comme celles mises en valeur lors de la Nuit des chercheurs à Liège autour de One Health, montrent comment cartographier ces routes cachées. Des équipes collectent des échantillons dans les rivières, en aval de stations d’épuration, sur des sols agricoles ou dans des étangs d’aquaculture. Grâce aux nouvelles techniques de séquençage, elles identifient les gènes de résistance présents et les comparent à ceux trouvés chez des patients ou des animaux de la région.

L’air n’est pas en reste. Dans certains contextes urbains ou industriels, des particules fines peuvent transporter des bactéries ou des fragments d’ADN. Des études commencent à montrer que l’aérosolisation à partir de stations d’épuration ou de champs récemment épandus pourrait constituer une voie de dispersion supplémentaire. On est encore loin d’un scénario catastrophe généralisé, mais ces signaux suffisent à justifier des mesures de précaution et une meilleure surveillance.

Au final, ce qui rend ces réservoirs environnementaux préoccupants, c’est leur discrétion. On ne voit pas les gènes de résistance circuler, mais ils se diffusent progressivement, comme une nappe invisible. Identifier ces lieux et ces flux est le premier pas pour agir de manière ciblée et efficace dans une perspective One Health.

Surveiller les réservoirs environnementaux : des outils innovants pour une alerte précoce

Repérer les réservoirs, c’est bien ; les suivre dans le temps et alerter à temps, c’est encore mieux. Historiquement, la surveillance de la résistance aux antibiotiques s’est concentrée sur les prélèvements cliniques : analyses d’urines, de sang, d’expectorations. Cette approche reste indispensable pour guider les prescriptions et les protocoles hospitaliers, mais elle ne raconte qu’une partie de l’histoire. La plupart des bactéries de l’environnement ne se cultivent pas facilement en laboratoire, et de nombreux gènes de résistance passeraient totalement inaperçus si l’on se contentait de ces méthodes.

Les outils récents ont profondément changé la donne. Les méthodes phénotypiques avancées, comme la cytométrie en flux ou la spectroscopie Raman, permettent désormais de suivre en quelques heures le comportement de bactéries dans des échantillons complexes d’eau ou de boues, sans avoir à isoler chaque souche. On peut ainsi observer quelles cellules résistent réellement à un antibiotique donné et comment des gènes de résistance semblent se transmettre au sein d’une communauté microbienne.

En parallèle, les approches génotypiques se sont imposées. La PCR quantitative à haut débit peut traquer des centaines de gènes de résistance en même temps dans un même échantillon. Le séquençage métagénomique, lui, explore directement tout l’ADN présent, permettant de découvrir des gènes de résistance inconnus ou de relier des gènes déjà décrits à de nouveaux hôtes bactériens. Avec le séquençage à lecture longue, il devient possible de reconstituer des plasmides ou d’autres éléments mobiles entiers, et de visualiser comment plusieurs gènes de résistance s’enchaînent sur un même support génétique.

Ces outils ne sont pas réservés aux grands centres de recherche. Ils commencent à irriguer des projets de terrain, parfois soutenus par des acteurs publics ou privés intéressés par la santé globale. Des partenariats innovants, comme ceux décrits autour de la démarche One Health comme approche intégrée, montrent comment combiner données cliniques, vétérinaires et environnementales pour gagner en réactivité. Par exemple, une ville peut décider de suivre régulièrement la présence de certains gènes de résistance dans les effluents de sa station d’épuration, et adapter ses investissements si une tendance à la hausse est repérée.

Pour mieux visualiser ces approches complémentaires, il peut être utile de les comparer :

L’enjeu, comme le rappelle une équipe menée par Huilin Zhang et Feng Ju, est de combiner ces méthodes plutôt que de chercher « la » technique miracle. Une surveillance complète doit relier ce que les bactéries savent faire (résister à un antibiotique), les gènes qu’elles portent, et l’endroit où elles se trouvent dans l’environnement. Cela suppose des protocoles harmonisés pour pouvoir comparer les données entre villes, pays et années.

Cette harmonisation est l’un des points centraux de nombreuses rencontres internationales One Health, mais aussi de coopérations bilatérales, comme le montrent les échanges entre pays illustrés par le One Health Award Tunisie-Italie. Sans méthodes communes, il reste difficile de savoir si une augmentation de gènes de résistance dans un fleuve résulte d’un réel phénomène ou simplement d’un changement de technique de laboratoire.

Pour les soignants, aidants ou acteurs de terrain, cela peut paraître très technique. Pourtant, les retombées sont directes : une meilleure capacité de surveillance permet d’anticiper des changements dans les recommandations d’antibiothérapie, d’adapter les consignes de protection des patients fragiles, ou de prioriser certains investissements (par exemple dans les stations d’épuration les plus critiques). La technologie n’est pas une fin en soi ; elle devient un outil pour sécuriser la prise en charge au quotidien.

À ce stade, la question n’est plus seulement « peut-on repérer la résistance dans l’environnement ? », mais « comment utiliser intelligemment ces informations pour réduire le risque au niveau humain, animal et écologique ? ». Cette question mène naturellement au cœur de l’action : le contrôle à la source et le contrôle des processus.

Agir à la source : limiter les réservoirs environnementaux des infections résistantes

Réduire les réservoirs environnementaux commence par une idée simple : moins de pression de sélection, moins de résistance. Autrement dit, si l’on diminue la quantité d’antibiotiques et de bactéries résistantes qui sortent des hôpitaux, des fermes ou des usines, on réduit la probabilité que l’environnement devienne une autoroute pour les superbactéries.

Le premier levier est évidemment la gestion des prescriptions en médecine humaine. L’antibiotique bien choisi, à la bonne dose, pour la bonne durée, prescrit uniquement lorsque c’est nécessaire, reste un geste puissant pour protéger les patients actuels… et futurs. Les campagnes de bon usage, les formations, les retours d’audit, ou encore l’utilisation d’outils numériques d’aide à la décision soutiennent ce mouvement. Des initiatives technologiques, comme certains projets sur la santé cérébrale et le suivi à distance présentés sur Samsung Brain Health, montrent comment la e-santé peut aussi participer à une meilleure personnalisation des soins, donc à une utilisation plus raisonnée des médicaments.

Du côté vétérinaire et agricole, le même principe s’applique. Réduire les antibiotiques de routine, améliorer les conditions d’élevage (densité, ventilation, hygiène, vaccination), diversifier les approches préventives permet de limiter le recours aux traitements de masse. Certaines filières testent des alternatives comme les phages (virus ciblant les bactéries), les peptides antimicrobiens ou des probiotiques spécifiques. L’objectif n’est pas d’interdire tout traitement, mais de réserver les molécules critiques aux situations où elles sont réellement indispensables.

Les usines de fabrication pharmaceutique représentent un chantier majeur. Des normes plus strictes sur les rejets, combinées à des technologies de traitement adaptées, peuvent réduire drastiquement les concentrations d’antibiotiques dans l’environnement. Là encore, la logique One Health vient soutenir des choix industriels plus propres, en rappelant que les impacts ne se limitent pas à la rivière la plus proche, mais peuvent remonter jusqu’aux services hospitaliers.

Des solutions dites « vertes » émergent également. Certaines équipes travaillent sur la biodégradation accélérée des antibiotiques dans les effluents, ou sur la conception de molécules plus facilement dégradables une fois leur effet thérapeutique terminé. D’autres explorent des systèmes de filtres à base de nanomatériaux, capables de piéger non seulement les bactéries, mais aussi l’ADN libre porteur de gènes de résistance.

Pour rendre ces enjeux plus concrets, il peut être utile de les résumer en gestes clés :

• 💊 En médecine humaine : renforcer le bon usage des antibiotiques, soutenir les équipes de liaison en infectiologie, intégrer la notion de One Health dans les formations des soignants.
• 🐄 En élevage : privilégier la prévention (vaccination, biosécurité), éviter les traitements de masse systématiques, surveiller les résistances dans les troupeaux.
• 🏭 Dans l’industrie : contrôler les rejets, investir dans des traitements avancés d’effluents, auditer régulièrement les concentrations d’antibiotiques en sortie de site.
• 🏙️ Au niveau des collectivités : cartographier les points chauds (stations d’épuration, zones d’élevage, axes industriels) et prioriser les actions.
• 👥 Pour le grand public : éviter l’automédication, suivre les prescriptions jusqu’au bout, rapporter les médicaments non utilisés en pharmacie.

Des acteurs innovants, y compris sur d’autres continents, illustrent la façon dont l’écosystème du médicament se transforme. Des plateformes comme celles décrites autour de Remedial Health, souvent présenté comme un “Amazon africain” du médicament, posent des questions importantes : comment distribuer mieux, sans encourager la surconsommation ? Comment garantir la traçabilité et le bon usage dans des systèmes de santé parfois fragmentés ? Ces interrogations rejoignent directement la lutte contre la RAM.

Agir à la source ne supprime pas les réservoirs environnementaux du jour au lendemain, mais infléchit progressivement la courbe. Moins de pression signifie moins de gènes de résistance qui circulent, donc moins de risques de voir apparaître des combinaisons extrêmement problématiques pour les patients les plus vulnérables.

Traiter les flux et prioriser les risques : vers une atténuation One Health plus ciblée

Limiter ce qui entre dans l’environnement est une étape essentielle. Mais il reste tout aussi crucial de mieux traiter ce qui circule déjà. C’est là qu’intervient le contrôle des processus : améliorer le traitement des eaux usées, des boues, des déchets de soins et des rejets agricoles pour casser les routes de diffusion des gènes de résistance.

Les stations d’épuration classiques réduisent la charge microbienne générale, mais laissent parfois passer des gènes de résistance, notamment dans les fractions solides. Pour aller plus loin, plusieurs pistes sont explorées : compostage hyperthermophile des boues (montée en température suffisante pour détruire l’ADN), procédés d’oxydation avancée, filtration membranaire, association avec des nanomatériaux, voire traitements par bactériophages ciblés. Des approches utilisant des « bactéries pièges à ADN » ou des outils inspirés de CRISPR sont également étudiées pour capter et neutraliser l’ADN libre.

Cependant, toutes ces technologies ont un coût, demandent des tests de sécurité et ne sont pas adaptées à toutes les situations. D’où l’importance de prioriser. Plutôt que de vouloir tout traiter partout, les chercheurs recommandent de concentrer les efforts sur les gènes de résistance présentant trois caractéristiques : forte mobilité (ils se transmettent facilement entre bactéries), présence dans des hôtes pathogènes pour l’humain ou l’animal, et association à une multirésistance limitant drastiquement les options de traitement.

C’est un changement de paradigme : compter simplement le nombre total de gènes de résistance dans un échantillon n’est plus suffisant. Il faut identifier ceux qui représentent un véritable danger clinique, les suivre dans le temps et mettre en regard les mesures prises sur le terrain. Cette façon de faire demande des protocoles standardisés, pour comparer honnêtement les données d’un pays, d’une ville ou d’un bassin versant à l’autre.

Certains projets orientés bien-être et environnement, comme ceux évoqués autour de Sovab et la vision One Health du bien-être, montrent comment articuler ces priorités avec d’autres enjeux de santé (qualité de l’air, bruit, accès aux espaces verts). L’idée n’est pas de séparer la RAM du reste, mais de l’intégrer dans une vision globale des territoires.

Pour les professionnels de santé ou les aidants, cela peut se traduire par des messages simples à relayer : rappeler que le tri et la collecte des déchets de soins ne sont pas de simples formalités administratives, mais participent à limiter la dispersion de molécules actives dans l’environnement ; souligner l’importance de dispositifs de récupération des effluents pour certains actes très chargés en antimicrobiens ; participer à des groupes de travail locaux où les retours de terrain enrichissent la décision publique.

Dans ce paysage en mouvement, de grandes agences et entreprises de communication en santé, telles que celles évoquées avec Havas Health, ont un rôle de pédagogie à jouer : rendre ces sujets complexes compréhensibles, lutter contre les idées reçues (non, les antibiotiques ne sont pas des médicaments « forts » qu’on prend pour « être sûr ») et valoriser les initiatives de terrain qui fonctionnent.

En définitive, une atténuation One Health efficace s’appuie sur deux jambes : des mesures techniques pointues, portées par des experts, et une culture commune du bon sens sanitaire, partagée par les soignants, les agriculteurs, les industriels et le grand public. C’est cette alliance qui permet, pas à pas, de rétrécir les routes empruntées par les réservoirs environnementaux d’infections résistantes.

Pourquoi parle-t-on de réservoirs environnementaux pour la résistance aux antibiotiques ?

Parce que les gènes de résistance et les bactéries qui les portent ne circulent pas seulement à l’hôpital ou chez les patients, mais aussi dans les rivières, les sols, les lacs, les effluents et même parfois dans l’air. Ces milieux peuvent accumuler et diffuser silencieusement la résistance, qui finit par atteindre les humains et les animaux. Les considérer comme des réservoirs permet d’agir en amont, avant que les infections résistantes n’apparaissent chez les personnes fragiles.

En quoi l’approche One Health change-t-elle concrètement la lutte contre les infections résistantes ?

L’approche One Health oblige à relier la médecine humaine, la santé animale et la protection de l’environnement. Au lieu de travailler séparément, les équipes partagent leurs données, coordonnent leurs actions et co-construisent des plans de prévention. Cela permet par exemple de lier les résultats de laboratoire d’un hôpital avec ceux d’analyses d’eaux usées ou de prélèvements dans un élevage voisin, afin d’identifier plus vite les routes de diffusion de la résistance et d’ajuster les mesures.

Que peut faire un particulier pour limiter la résistance aux antibiotiques dans l’environnement ?

Un particulier peut agir à plusieurs niveaux : ne jamais prendre d’antibiotiques sans prescription, respecter scrupuleusement la durée et la posologie indiquées, rapporter les médicaments non utilisés en pharmacie plutôt que les jeter, et éviter de faire pression sur les soignants pour obtenir un antibiotique « au cas où ». Ces gestes simples réduisent la quantité d’antibiotiques qui finissent dans les eaux usées ou les poubelles, et donc la pression de sélection sur les bactéries dans l’environnement.

Les nouvelles technologies de surveillance sont-elles accessibles partout ?

Les techniques les plus avancées (métagénomique, séquençage à lecture longue, cytométrie de pointe) restent aujourd’hui concentrées dans certains centres de recherche ou laboratoires de référence. Cependant, leur coût diminue, des plateformes partagées se mettent en place et des protocoles plus simples sont développés pour les pays à ressources limitées. L’objectif est de construire un réseau mondial de surveillance, avec des méthodes harmonisées, tout en tenant compte des réalités locales.

Pourquoi insister autant sur la réduction des antibiotiques en élevage ?

Parce que l’usage massif et parfois préventif des antibiotiques en élevage crée une forte pression de sélection sur les bactéries des animaux et de leur environnement. Les gènes de résistance ainsi sélectionnés peuvent se retrouver dans le fumier, les lisiers ou les sols, puis circuler via l’eau ou la chaîne alimentaire. Réduire ces usages, améliorer la prévention des maladies animales et privilégier les traitements ciblés permet de limiter cette source majeure de gènes de résistance dans l’environnement, au bénéfice de la santé humaine comme animale.